学术秘书处秘书长: 钱三强,1954年2月—1956年4月 陈康白,1954年4月—1956年4月
秘书长:裴丽生,1956年5月—1960年3月 秘书长:杜润生,1960年8月—1967年1月 副秘书长:钱三强,1956年12月—1967年1月 杜润生,1956年5月—1960年8月 秦力生,1956年12月—1967年1月 谢鑫鹤,1956年12月—1967年1月 武 衡,1956年12月—1962年12月 郁 文,1956年12月—1967年1月 卫一清,1966年4月—1967年1月
秘书长:郁 文,1977年(1978年8月任命)—1982年4月 副秘书长:高登榜,1977年8月—1979年8月 童大林,1977年8月—1979年8月 刘 春,1978年6月—1982年5月 李 苏,1978年6月—1982年 甘重斗,1977年8月—1978年 赵北克,1978年6月—1982年 张方海,1978年6月—1980年5月 钟炳昌,1979年8月—1982年 郭卫人,1979年4月—1982年 张文松,1979年4月—1981年7月 谷 羽,1979年8月—1982年 纪 波,1979年8月—1982年 石 山,1979年8月—1982年 李德仲,1980年9月—1982年
代秘书长:顾以健,1982年5月—1984年4月 秘书长:顾以健,1984年4月—1987年1月 副秘书长:胡永畅,1982年5月—1986年 章洪琛,1982年7月—1988年 岳致中,1984年7月—1988年 侯自强,1985年2月—1988年 胡启恒,1985年2月—1987年1月 吴学珍,1985年2月—1988年 苏世生,1985年2月—1989年7月
秘书长:胡启恒,1987年1月—1988年10月 副秘书长:章洪琛,1982年7月—1988年 岳致中,1984年7月—1988年 侯自强,1985年2月—1988年 吴学珍,1985年2月—1988年 苏世生,1985年2月—1989年7月 张云岗,1988年6月—1992年 张玉台,1988年6月—1995年10月 竺 玄,1988年6月—1995年4月
秘书长:侯自强,1988年10月—1993年5月 副秘书长:张云岗,1988年6月—1992年 张玉台,1988年6月—1995年10月 竺 玄,1988年6月—1995年4月 刘乃泉,1989年—1993年5月
秘书长:严义埙(兼),1993年6月—1995年4月 副秘书长:张玉台,1988年6月—1995年10月 竺 玄,1988年6月—1995年4月 王玉民,1993年6月—1998年7月
秘书长:竺 玄,1995年4月—1999年9月 副秘书长:王玉民,1998年7月离任 郭传杰,1995年1月—1997年10月 王景川,1997年12月—1999年9月 钱文藻,1997年10月—2000年 马彤军,1997年12月—1999年 杨柏龄,1998年10月—2000年2月 秘书长:王景川,1999年9月—2000年2月 秘书长:杨柏龄(兼),2000年2月—2000年6月 副秘书长:施尔畏,1999年12月—2000年6月 钱文藻,2000年离任 秘书长:施尔畏,2000年6月—2004年2月 副秘书长:何 岩,2000年6月至今 邓麦村,2000年8月—2003年5月 沈保根,2001年7月—2008年2月 郭华东,2002年1月—2008年2月
秘书长:李志刚,2004年2月至今 副秘书长:何 岩,2000年6月至今 沈保根,2008年离任 郭华东,2008年离任 邓麦村,2008年2月至今 曹效业,2004年3月至今 谭铁牛,2007年5月至今 王恩哥,2008年2月至今
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