学术秘书处秘书长：
　　　　　钱三强，1954年2月—1956年4月
　　　　　陈康白，1954年4月—1956年4月

　秘书长：裴丽生，1956年5月—1960年3月
　秘书长：杜润生，1960年8月—1967年1月
副秘书长：钱三强，1956年12月—1967年1月
　　　　　杜润生，1956年5月—1960年8月
　　　　　秦力生，1956年12月—1967年1月
　　　　　谢鑫鹤，1956年12月—1967年1月
　　　　　武　衡，1956年12月—1962年12月
　　　　　郁　文，1956年12月—1967年1月
　　　　　卫一清，1966年4月—1967年1月

　秘书长：郁　文，1977年（1978年8月任命）—1982年4月
副秘书长：高登榜，1977年8月—1979年8月
　　　　　童大林，1977年8月—1979年8月
　　　　　刘　春，1978年6月—1982年5月
　　　　　李　苏，1978年6月—1982年
　　　　　甘重斗，1977年8月—1978年
　　　　　赵北克，1978年6月—1982年
　　　　　张方海，1978年6月—1980年5月
　　　　　钟炳昌，1979年8月—1982年
　　　　　郭卫人，1979年4月—1982年
　　　　　张文松，1979年4月—1981年7月
　　　　　谷　羽，1979年8月—1982年
　　　　　纪　波，1979年8月—1982年
　　　　　石　山，1979年8月—1982年
　　　　　李德仲，1980年9月—1982年

代秘书长：顾以健，1982年5月—1984年4月
　秘书长：顾以健，1984年4月—1987年1月
副秘书长：胡永畅，1982年5月—1986年
　　　　　章洪琛，1982年7月—1988年
　　　　　岳致中，1984年7月—1988年
　　　　　侯自强，1985年2月—1988年
　　　　　胡启恒，1985年2月—1987年1月
　　　　　吴学珍，1985年2月—1988年
　　　　　苏世生，1985年2月—1989年7月

　秘书长：胡启恒，1987年1月—1988年10月
副秘书长：章洪琛，1982年7月—1988年
　　　　　岳致中，1984年7月—1988年
　　　　　侯自强，1985年2月—1988年
　　　　　吴学珍，1985年2月—1988年
　　　　　苏世生，1985年2月—1989年7月
　　　　　张云岗，1988年6月—1992年
　　　　　张玉台，1988年6月—1995年10月
　　　　　竺　玄，1988年6月—1995年4月

　秘书长：侯自强，1988年10月—1993年5月
副秘书长：张云岗，1988年6月—1992年
　　　　　张玉台，1988年6月—1995年10月
　　　　　竺　玄，1988年6月—1995年4月
　　　　　刘乃泉，1989年—1993年5月

　秘书长：严义埙（兼），1993年6月—1995年4月
副秘书长：张玉台，1988年6月—1995年10月
　　　　　竺　玄，1988年6月—1995年4月
　　　　　王玉民，1993年6月—1998年7月

　秘书长：竺　玄，1995年4月—1999年9月
副秘书长：王玉民，1998年7月离任
　　　　　郭传杰，1995年1月—1997年10月
　　　　　王景川，1997年12月—1999年9月
　　　　　钱文藻，1997年10月—2000年
　　　　　马彤军，1997年12月—1999年
　　　　　杨柏龄，1998年10月—2000年2月
　　　　
　秘书长：王景川，1999年9月—2000年2月
　秘书长：杨柏龄（兼），2000年2月—2000年6月
副秘书长：施尔畏，1999年12月—2000年6月 
　　　　　钱文藻，2000年离任
　
　秘书长：施尔畏，2000年6月—2004年2月
副秘书长：何　岩，2000年6月至今
　　　　　邓麦村，2000年8月—2003年5月
　　　　　沈保根，2001年7月—2008年2月
　　　　　郭华东，2002年1月—2008年2月

　秘书长：李志刚，2004年2月至今
副秘书长：何　岩，2000年6月至今
　　　　　沈保根，2008年离任
　　　　　郭华东，2008年离任
　　　　　邓麦村，2008年2月至今
　　　　　曹效业，2004年3月至今
　　　　　谭铁牛，2007年5月至今
　　　　　王恩哥，2008年2月至今