2004年10月11日，中科院上海巴斯德研究所举行揭牌仪式，法国总统希拉克、中国科学院副院长陈竺、上海市副市长唐登杰共同为研究所揭牌。2004年12月中国科学院与德国马普学会合作创立计算生物学伙伴研究所，成为中科院上海生命科学研究院所属研究所之一，这是我国首个计算生物学研究所。计算生物学所设3个实验室，实验室实行主任负责制，不设立专门的所长位置，由实验室主任以年度轮换制的方式行使所长职责。