2000年，中国科学院对研究生教育进行体制改革、资源重组，将全院研究所的研究生教育进行改革整合，组建中国科学院研究生院，并得到国务院学位委员会、教育部批准。通过体制机制改革，形成了以“一院（研究生院）一校（中国科技大学）”为核心，以研究所为基础，以研究生为主体的教育体系，标志着中国科学院研究生教育事业进入全面发展阶段。