2006年以来，积极探索科技创新基地管理模式，建立矩阵式网格化科研活动组织模式，建设了“1+10”科技创新基地，即：具有明确目标导向的重大和交叉科学前沿基础研究基地、信息科技创新基地、光电和空间科技创新基地、先进能源科技创新基地、先进能源科技创新基地、先进能源科技创新基地、先进能源科技创新基地、先进能源科技创新基地、生态与环境科技创新基地、资源与海洋科技创新基地、依托大科学装置的综合研究基地，以突破学科壁垒，突破研究所局限，突破基础研究、应用研究和高技术研发的分割，充分发挥中科院学科比较齐全的综合优势，更好地加强与国家创新体系各单元之间的合作，增强集中力量做大事的能力。