1998年以来，进行了中国科学院建院以来涉及面最广、意义最为深远的科技布局调整，较大幅度凝聚与提升了科技创新目标，部署了一批新的科技生长点，重点领域方向从以学科为基础的科技布局，逐步聚焦到以信息、空间、先进能源、纳米、先进制造、新材料、人口健康、先进工业生物技术、现代农业、生态与环境、资源与海洋、交叉与前沿、大科学装置等科技领域为重点的科技布局，大幅增强了自主原始创新和系统集成能力，整体科技布局更加适应我国经济社会发展战略需求和世界科技发展趋势。院属法人研究机构由1997年的123个调整为2008年底的99个，7个研究所转制为企业。