1988年12月20日，公布《中国科学院自然科学奖励条例》及《实施细则》，设立“中国科学院自然科学奖”。这是全国第一个正式颁设的与国家自然科学奖相对应、以奖励科学理论研究成果为奖励客体的省部级科学奖。中国科学院自然科学奖主要奖励在自然科学基础研究和应用基础研究领域取得的具有重大科学价值、对推动科学技术发展有重要意义的科学理论研究成果；分设一、二、三等奖三个奖级，每年奖授一次。1989年颁授了第一届中国科学院自然科学奖。