第一任院长：郭沫若，1949年10月—1978年6月
　　副院长：陈伯达，1949年10月—1973年8月
　　　　　　李四光，1949年10月—1971年4月
　　　　　　陶孟和，1949年10月—1960年4月
　　　　　　竺可桢，1949年10月—1974年2月
　　　　　　吴有训，1950年2月—1977年11月
　　　　　　张稼夫，1953年1月—1956年5月
　　　　　　张劲夫，1956年5月—1967年1月
　　　　　　裴丽生，1960年3月—1967年1月
　　　　　　方　毅，1977年1月—1979年7月
　　　　　　童第周，1978年3月—1979年3月

第二任院长：方　毅，1979年7月—1981年5月
　　副院长：李　昌，1978年3月—1981年5月
　　　　　　周培源，1978年3月—1981年5月
　　　　　　胡克实，1978年3月—1981年5月
　　　　　　严济慈，1978年3月—1981年5月
　　　　　　华罗庚，1978年3月—1981年5月
　　　　　　钱三强，1978年3月—1981年5月

第三任院长：卢嘉锡，1981年5月—1987年1月
　　副院长：钱三强，1981年5月—1984年3月
　　　　　　胡克实，1981年5月—1984年3月
　　　　　　冯德培，1981年5月—1984年3月
　　　　　　李  薰，1981年5月—1983年3月
　　　　　　严东生，1981年5月—1987年1月
　　　　　　叶笃正，1981年5月—1984年3月
　　　　　　周光召，1984年3月—1987年1月
　　　　　　孙鸿烈，1984年3月—1987年1月

第四任院长：周光召，1987年1月—1997年7月
　　副院长：孙鸿烈，1987年1月—1992年10月
　　　　　　滕　藤，1987年1月—1988年4月
　　　　　　李振声，1987年9月—1992年10月
　　　　　　胡启恒，1988年9月—1996年3月
　　　　　　王佛松，1988年9月—1994年9月
　　　　　　严义埙，1992年10月—1997年7月
　　　　　　许智宏，1992年10月—1997年7月
　　　　　　路甬祥，1993年12月—1997年7月
　　　　　　徐冠华，1994年9月—1995年4月
　　　　　　陈宜瑜，1995年3月—1997年7月
　　　　　　白春礼，1996年4月—1997年7月

第五任院长：路甬祥，1997年7月—至今
　　副院长：严义埙，2000年离任。
　　　　　　许智宏，2003年1月离任
　　　　　　陈宜瑜，2003年12月离任
　　　　　　白春礼，1997年7月任副院长，2004年12月—至今任常务副院长
　　　　　　杨柏龄，1999年5月—2003年12月
　　　　　　江绵恒，1999年11月—至今
　　　　　　陈　竺，2000年10月—2007年6月
　　　　　　施尔畏，2004年1月—至今
　　　　　　李家洋，2004年1月—至今
　　　　　　李静海，2004年2月—至今
　　　　　　曹健林，2005年1月—2006年9月
　　　　　　詹文龙，2008年1月—至今
　　　　　　丁仲礼，2008年1月—至今
　　　　　　阴和俊，2008年1月—至今